Le origini del Comune di Sant'Agnello sono comuni a quelle dell'intera Penisola Sorrentina e risalgono ad epoca antichissima. Lo storico Pelliccia sostiene che Sorrento da principio fosse un'isola e che il territorio Nocerino, Sarnese e Nolano avesse avuto origine da un'eruzione del Vesuvio avvenuta all'incirca due secoli prima della fondazione di Roma (721 a.C.); lo stesso storico afferma che quest'isola si chiamasse Eea e che fosse, nell'Odissea, la dimora della Maga Circe e delle Sirene. Antichissimi ritrovamenti archeologici testimoniano la presenza dell'uomo in Penisola da circa cinquantamila anni.
Il primo popolo che giunse in Penisola di cui si hanno prove certe fu quello degli Osci, popolo dell'Italia meridionale a cui successivamente si unirono i Fenici, all'epoca già molto progrediti. Insieme, questi due popoli edificarono Stabia e Sorrento. Altri studiosi affermano che Sorrento fosse la più antica città del Golfo di Napoli, mentre altri sostengono che a fondarla siano stati gli Lestrigoni, popolo proveniente da Gaeta; altri ancora sostengono che sia stata fondata dai Cimmeri, popolo proveniente dalla odierna Crimea. Nell'89 a.C. Sorrento divenne municipio romano.
La splendida "Surrentum" divenne così luogo di villeggiatura per i ricchi romani: si racconta che anche Cesare Augusto e Nerone possedessero una villa, mentre Tiberio ci venisse spesso dalla vicina Capri. L'eruzione del Vesuivio del 4 agosto 79 d.C. non distrusse Sorrento, ma alcuni storici affermarono che parte della costa sprofondò. Nel 1494 Carlo VIII si impadronì del regno di Napoli, ma già nel 1496 Giovanna D'Aragona riprese possesso del Napoletano e quindi di Sorrento. Quando, nel 1501, i Francesi, unitamente all'Ammiraglio genovese Andrea Doria, attaccarono Ferdinando D'Aragona, Sorrento, Piano e Vico si schierarono con lui e si arresero solo quando le truppe di Re Luigi XII di Francia invasero tutto il Regno di Napoli.
Intanto, Luigi XII propose al Re di Spagna Ferdinando il Cattolico la spartizione del Regno; vistosi tradito, Ferdinando D'Aragona rinunciò al regno di Napoli in cambio del ducato di Angiò in Francia.
Francesi e Spagnoli scesero in guerra e nel 1505 il Regno di Napoli e Sicilia passò agli Spagnoli. Tale dominio durò circa due secoli. Negli ultimi anni del dominio spagnolo si ebbe una violenta contesa tra l'Arcivescovo di Sorrento e gli amministratori della ns. Parrocchia dei Ss. Prisco e Agnello che, essendo stata costruita con il contributo dei fedeli, aveva ed ha ancora oggi il privilegio di eleggere direttamente il Parroco e di avere una propria amministrazione. Dopo questi eventi, in penisola cominciò a maturare una coscienza politica; non si assiste più, infatti, a lotte tra paesi vicini, dovute in gran parte ad interessi economici, ma uniti questi partecipano attivamente agli avvenimenti storici e politici. Così, quando il 23 dicembre 1798, Ferninando VI lasciò Napoli, i giacobini proclamarono la Repubblica e nel successivo governo trovarono posto anche due rappresentanti della penisola Sorrentina.
Intanto nasceva l'astro napoleonico: nel 1806, i Francesi sottomisero il Regno di Napoli e il loro dominio durò circa un decennio. L'8 gennaio 1808 fu una data molto importante anche per Sant'Agnello: infatti, si determina il distacco di Piano da Sorrento, e il nostro paese diviene vassallo del nuovo Comune. Questo nuovo stato giuridico non è affatto gradito ai Santanellesi i quali,invano, si ribellano. Nel 1835 i nativi di Sant'Agnello, Mortora e Trasaella chiesero ancora una volta l'autonomia, che ebbero però solo nel gennaio 1866, quando Sant'Agnello divenne finalmente Comune autonomo, suddiviso nelle borgate di Angri, Trasaella, Colli di Fontanelle, Maiano, San Giovanni e Paolo e l'attuale rione Cappuccini.
Il 14 maggio del 1866, in seguito alle elezioni, viene eletto il primo Consiglio Comunale, che elesse Sindaco il Cap. Francesco Ciampa. Nella seconda metà del sec. XIX la produzione degli agrumi ebbe un notevole incremento perché richiesti in tutto il mondo; ciò fu senza dubbio sprone per lo sviluppo del commercio marittimo. Questo enorme scambio favorì l'istituzione, nel 1894, alla via San Sergio, del Consolato degli Stati Uniti. Nel 1898 si inaugurava la rete elettrica e nel 1900 furono allargate numerose strade. Dall'aprile 1927, con il R.D. n° 598, i comuni di Meta, Piano di Sorrento, Sant'Agnello e Sorrento formarono la "grande Sorrento". In questi anni la sede municipale era posta nell'edificio che oggi ospita il nostro Comune. L'unione dei quattro Comuni cessa dal febbraio 1946 con Decreto Luogotenenziale n° 182.